%%{
  init: {
    'theme': 'base',
    'themeVariables': {
      'primaryColor': '#B6ECE2',
      'primaryTextColor': '#160F26',
      'primaryBorderColor': '#065647',
      'lineColor': '#545555',
      'clusterBkg': '#BABCBD22',
      'clusterBorder': '#DDDEDE',
      'fontFamily': 'arial'
    }
  }
}%%
flowchart TB
    subgraph " "
    v6["ch_gtf"]
    v9["ch_fasta"]
    v18["ch_blacklist"]
    v33["samplesheet"]
    v84["ch_index"]
    v85["sort_bam"]
    v150["bamtools_filter_se_config"]
    v151["bamtools_filter_pe_config"]
    v156[" "]
    v239["nsc_header"]
    v240["rsc_header"]
    v241["correlation_header"]
    v286["macs3_gsize"]
    v302["peak_count_header"]
    v303["frip_score_header"]
    v324["is_narrow_peak"]
    v330["mqc_header"]
    v331["suffix"]
    v352["is_narrow_peak"]
    v387["ch_deseq2_pca_header_multiqc"]
    v388["ch_deseq2_clustering_header_multiqc"]
    v407["aligner_dir"]
    v408["peak_dir"]
    v417["Channel.of"]
    v420["Channel.fromPath"]
    v423["ch_workflow_summary"]
    end
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ [NFCORE_CHIPSEQ]"
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:PREPARE_GENOME [PREPARE_GENOME]"
    v7(["GTF2BED"])
    v11(["CUSTOM_GETCHROMSIZES"])
    v20(["GENOME_BLACKLIST_REGIONS"])
    v8(( ))
    v10(( ))
    v13(( ))
    v14(( ))
    v19(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ [CHIPSEQ]"
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:INPUT_CHECK [INPUT_CHECK]"
    v34(["SAMPLESHEET_CHECK"])
    v35(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:FASTQ_FASTQC_UMITOOLS_TRIMGALORE [FASTQ_FASTQC_UMITOOLS_TRIMGALORE]"
    v43(["FASTQC"])
    v59(["TRIMGALORE"])
    v45(( ))
    v64(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:FASTQ_ALIGN_BWA [FASTQ_ALIGN_BWA]"
    v86(["BWA_MEM"])
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:FASTQ_ALIGN_BWA:BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS [BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS]"
    v93(["SAMTOOLS_SORT"])
    v99(["SAMTOOLS_INDEX"])
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:FASTQ_ALIGN_BWA:BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS:BAM_STATS_SAMTOOLS [BAM_STATS_SAMTOOLS]"
    v107(["SAMTOOLS_STATS"])
    v109(["SAMTOOLS_FLAGSTAT"])
    v111(["SAMTOOLS_IDXSTATS"])
    v108(( ))
    end
    v97(( ))
    v103(( ))
    end
    v90(( ))
    end
    v119(["PICARD_MERGESAMFILES"])
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:BAM_MARKDUPLICATES_PICARD [BAM_MARKDUPLICATES_PICARD]"
    v125(["PICARD_MARKDUPLICATES"])
    v130(["SAMTOOLS_INDEX"])
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:BAM_MARKDUPLICATES_PICARD:BAM_STATS_SAMTOOLS [BAM_STATS_SAMTOOLS]"
    v138(["SAMTOOLS_STATS"])
    v140(["SAMTOOLS_FLAGSTAT"])
    v142(["SAMTOOLS_IDXSTATS"])
    v139(( ))
    end
    v127(( ))
    v129(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:BAM_FILTER_BAMTOOLS [BAM_FILTER_BAMTOOLS]"
    v152(["BAMTOOLS_FILTER"])
    v157(["SAMTOOLS_INDEX"])
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:BAM_FILTER_BAMTOOLS:BAM_STATS_SAMTOOLS [BAM_STATS_SAMTOOLS]"
    v164(["SAMTOOLS_STATS"])
    v166(["SAMTOOLS_FLAGSTAT"])
    v168(["SAMTOOLS_IDXSTATS"])
    v165(( ))
    end
    v172(["SAMTOOLS_SORT"])
    v178(["BAM_REMOVE_ORPHANS"])
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:BAM_FILTER_BAMTOOLS:BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS [BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS]"
    v182(["SAMTOOLS_SORT"])
    v188(["SAMTOOLS_INDEX"])
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:BAM_FILTER_BAMTOOLS:BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS:BAM_STATS_SAMTOOLS [BAM_STATS_SAMTOOLS]"
    v196(["SAMTOOLS_STATS"])
    v198(["SAMTOOLS_FLAGSTAT"])
    v200(["SAMTOOLS_IDXSTATS"])
    v197(( ))
    end
    v186(( ))
    v192(( ))
    end
    v153(( ))
    v155(( ))
    v206(( ))
    v207(( ))
    v208(( ))
    v209(( ))
    end
    v213(["PRESEQ_LCEXTRAP"])
    v222(["PICARD_COLLECTMULTIPLEMETRICS"])
    v234(["PHANTOMPEAKQUALTOOLS"])
    v242(["MULTIQC_CUSTOM_PHANTOMPEAKQUALTOOLS"])
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:BAM_BEDGRAPH_BIGWIG_BEDTOOLS_UCSC [BAM_BEDGRAPH_BIGWIG_BEDTOOLS_UCSC]"
    v245(["BEDTOOLS_GENOMECOV"])
    v249(["UCSC_BEDGRAPHTOBIGWIG"])
    v247(( ))
    end
    v255(["DEEPTOOLS_COMPUTEMATRIX"])
    v259(["DEEPTOOLS_PLOTPROFILE"])
    v263(["DEEPTOOLS_PLOTHEATMAP"])
    v275(["DEEPTOOLS_PLOTFINGERPRINT"])
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:BAM_PEAKS_CALL_QC_ANNOTATE_MACS3_HOMER [BAM_PEAKS_CALL_QC_ANNOTATE_MACS3_HOMER]"
    v287(["MACS3_CALLPEAK"])
    v297(["FRIP_SCORE"])
    v304(["MULTIQC_CUSTOM_PEAKS"])
    v319(["HOMER_ANNOTATEPEAKS"])
    v325(["PLOT_MACS3_QC"])
    v332(["PLOT_HOMER_ANNOTATEPEAKS"])
    v292(( ))
    v294(( ))
    v329(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_CHIPSEQ:CHIPSEQ:BED_CONSENSUS_QUANTIFY_QC_BEDTOOLS_FEATURECOUNTS_DESEQ2 [BED_CONSENSUS_QUANTIFY_QC_BEDTOOLS_FEATURECOUNTS_DESEQ2]"
    v353(["MACS3_CONSENSUS"])
    v357(["HOMER_ANNOTATEPEAKS"])
    v361(["ANNOTATE_BOOLEAN_PEAKS"])
    v367(["SUBREAD_FEATURECOUNTS"])
    v389(["DESEQ2_QC"])
    v348(( ))
    v356(( ))
    v360(( ))
    v364(( ))
    end
    v409(["IGV"])
    v485(["MULTIQC"])
    v37(( ))
    v82(( ))
    v116(( ))
    v122(( ))
    v123(( ))
    v146(( ))
    v147(( ))
    v148(( ))
    v219(( ))
    v220(( ))
    v221(( ))
    v238(( ))
    v243(( ))
    v268(( ))
    v399(( ))
    v401(( ))
    v403(( ))
    v405(( ))
    v428(( ))
    v429(( ))
    v430(( ))
    v431(( ))
    v433(( ))
    v435(( ))
    v437(( ))
    v439(( ))
    v441(( ))
    v443(( ))
    v445(( ))
    v447(( ))
    v449(( ))
    v451(( ))
    v453(( ))
    v455(( ))
    v457(( ))
    v459(( ))
    v461(( ))
    v463(( ))
    v465(( ))
    v467(( ))
    v469(( ))
    v471(( ))
    v473(( ))
    v475(( ))
    v477(( ))
    v479(( ))
    v481(( ))
    v483(( ))
    end
    v31(( ))
    end
    subgraph " "
    v12[" "]
    v44["fastqc_html"]
    v60["trim_html"]
    v61["trim_unpaired"]
    v69["trim_read_count"]
    v87[" "]
    v88[" "]
    v89[" "]
    v94[" "]
    v95[" "]
    v96[" "]
    v100[" "]
    v126[" "]
    v158[" "]
    v159[" "]
    v173[" "]
    v174[" "]
    v175[" "]
    v183[" "]
    v184[" "]
    v185[" "]
    v189[" "]
    v214[" "]
    v223[" "]
    v235[" "]
    v246["scale_factor"]
    v256[" "]
    v260[" "]
    v264[" "]
    v265[" "]
    v276[" "]
    v277[" "]
    v288["bedgraph"]
    v289["bed"]
    v290["gapped_peaks"]
    v291["xls"]
    v320[" "]
    v326["plot_macs3_qc_pdf"]
    v327["plot_macs3_qc_txt"]
    v333["plot_homer_annotatepeaks_pdf"]
    v334["plot_homer_annotatepeaks_txt"]
    v354["consensus_intersect_txt"]
    v355["consensus_pdf"]
    v358[" "]
    v362[" "]
    v390["deseq2_qc_size_factors"]
    v391["deseq2_qc_log"]
    v392["deseq2_qc_dists_txt"]
    v393["deseq2_qc_pca_txt"]
    v394["deseq2_qc_rds"]
    v395["deseq2_qc_rdata"]
    v396["deseq2_qc_pdf"]
    v410["fasta"]
    v411[" "]
    v412[" "]
    v486[" "]
    v487[" "]
    v488[" "]
    v489["multiqc_report"]
    end
    v6 --> v7
    v6 --> v319
    v6 --> v357
    v7 --> v255
    v7 --> v8
    v9 --> v319
    v9 --> v357
    v9 --> v409
    v9 --> v10
    v9 --> v82
    v9 --> v122
    v9 --> v148
    v9 --> v220
    v10 --> v11
    v11 --> v12
    v11 --> v8
    v11 --> v13
    v11 --> v14
    v18 --> v19
    v13 --> v20
    v19 --> v20
    v20 --> v8
    v20 --> v147
    v33 --> v34
    v34 --> v35
    v34 --> v37
    v35 --> v43
    v43 --> v44
    v43 --> v45
    v43 --> v431
    v35 --> v59
    v59 --> v61
    v59 --> v60
    v59 --> v45
    v59 --> v64
    v59 --> v433
    v59 --> v435
    v64 --> v69
    v84 --> v86
    v85 --> v86
    v64 --> v86
    v82 --> v86
    v86 --> v93
    v86 --> v89
    v86 --> v88
    v86 --> v87
    v86 --> v90
    v82 --> v93
    v93 --> v99
    v93 --> v96
    v93 --> v95
    v93 --> v94
    v93 --> v97
    v93 --> v103
    v93 --> v116
    v99 --> v100
    v99 --> v97
    v99 --> v103
    v82 --> v107
    v103 --> v107
    v107 --> v108
    v107 --> v437
    v103 --> v109
    v109 --> v108
    v109 --> v439
    v103 --> v111
    v111 --> v108
    v111 --> v441
    v116 --> v119
    v119 --> v125
    v119 --> v37
    v122 --> v125
    v123 --> v125
    v125 --> v126
    v125 --> v213
    v125 --> v127
    v125 --> v129
    v125 --> v146
    v125 --> v449
    v129 --> v130
    v130 --> v127
    v130 --> v129
    v130 --> v146
    v122 --> v138
    v129 --> v138
    v138 --> v139
    v138 --> v443
    v129 --> v140
    v140 --> v139
    v140 --> v445
    v129 --> v142
    v142 --> v139
    v142 --> v447
    v150 --> v152
    v151 --> v152
    v146 --> v152
    v147 --> v152
    v152 --> v153
    v152 --> v155
    v156 --> v157
    v157 --> v159
    v157 --> v158
    v157 --> v153
    v157 --> v155
    v157 --> v206
    v148 --> v164
    v155 --> v164
    v164 --> v165
    v164 --> v207
    v155 --> v166
    v166 --> v165
    v166 --> v208
    v155 --> v168
    v168 --> v165
    v168 --> v209
    v148 --> v172
    v155 --> v172
    v172 --> v178
    v172 --> v175
    v172 --> v174
    v172 --> v173
    v172 --> v153
    v178 --> v182
    v178 --> v153
    v148 --> v182
    v182 --> v188
    v182 --> v185
    v182 --> v184
    v182 --> v183
    v182 --> v155
    v182 --> v186
    v182 --> v192
    v188 --> v189
    v188 --> v186
    v188 --> v192
    v188 --> v206
    v148 --> v196
    v192 --> v196
    v196 --> v197
    v196 --> v207
    v192 --> v198
    v198 --> v197
    v198 --> v208
    v192 --> v200
    v200 --> v197
    v200 --> v209
    v213 --> v214
    v213 --> v37
    v213 --> v459
    v219 --> v222
    v220 --> v222
    v221 --> v222
    v222 --> v223
    v222 --> v37
    v222 --> v457
    v155 --> v234
    v234 --> v235
    v234 --> v37
    v234 --> v238
    v234 --> v465
    v239 --> v242
    v240 --> v242
    v241 --> v242
    v238 --> v242
    v242 --> v467
    v242 --> v469
    v242 --> v471
    v243 --> v245
    v245 --> v249
    v245 --> v246
    v245 --> v247
    v13 --> v249
    v249 --> v255
    v249 --> v247
    v249 --> v399
    v255 --> v259
    v255 --> v256
    v255 --> v263
    v255 --> v37
    v259 --> v260
    v259 --> v37
    v259 --> v461
    v263 --> v265
    v263 --> v264
    v263 --> v37
    v268 --> v275
    v275 --> v277
    v275 --> v276
    v275 --> v37
    v275 --> v463
    v286 --> v287
    v268 --> v287
    v287 --> v291
    v287 --> v290
    v287 --> v289
    v287 --> v288
    v287 --> v292
    v287 --> v294
    v294 --> v297
    v297 --> v292
    v297 --> v294
    v302 --> v304
    v303 --> v304
    v294 --> v304
    v304 --> v292
    v304 --> v473
    v304 --> v475
    v294 --> v319
    v319 --> v320
    v319 --> v292
    v319 --> v329
    v324 --> v325
    v294 --> v325
    v325 --> v327
    v325 --> v326
    v325 --> v292
    v330 --> v332
    v331 --> v332
    v329 --> v332
    v332 --> v334
    v332 --> v333
    v332 --> v292
    v332 --> v477
    v352 --> v353
    v348 --> v353
    v353 --> v357
    v353 --> v355
    v353 --> v354
    v353 --> v356
    v353 --> v360
    v353 --> v364
    v353 --> v403
    v353 --> v405
    v357 --> v358
    v357 --> v356
    v357 --> v360
    v360 --> v361
    v361 --> v362
    v361 --> v356
    v364 --> v367
    v367 --> v389
    v367 --> v356
    v367 --> v479
    v387 --> v389
    v388 --> v389
    v389 --> v396
    v389 --> v395
    v389 --> v394
    v389 --> v393
    v389 --> v392
    v389 --> v391
    v389 --> v390
    v389 --> v356
    v389 --> v481
    v389 --> v483
    v407 --> v409
    v408 --> v409
    v399 --> v409
    v401 --> v409
    v403 --> v409
    v405 --> v409
    v409 --> v412
    v409 --> v411
    v409 --> v410
    v409 --> v37
    v417 --> v37
    v420 --> v428
    v423 --> v37
    v37 --> v485
    v428 --> v485
    v429 --> v485
    v430 --> v485
    v431 --> v485
    v433 --> v485
    v435 --> v485
    v437 --> v485
    v439 --> v485
    v441 --> v485
    v443 --> v485
    v445 --> v485
    v447 --> v485
    v449 --> v485
    v451 --> v485
    v453 --> v485
    v455 --> v485
    v457 --> v485
    v459 --> v485
    v461 --> v485
    v463 --> v485
    v465 --> v485
    v467 --> v485
    v469 --> v485
    v471 --> v485
    v473 --> v485
    v475 --> v485
    v477 --> v485
    v479 --> v485
    v481 --> v485
    v483 --> v485
    v485 --> v489
    v485 --> v488
    v485 --> v487
    v485 --> v486
    v8 --> v31
    v14 --> v123
    v14 --> v221
    v31 --> v37
    v45 --> v37
    v90 --> v37
    v127 --> v37
    v153 --> v37
    v247 --> v37
    v292 --> v37
    v356 --> v37
    v97 --> v90
    v108 --> v97
    v139 --> v127
    v165 --> v153
    v186 --> v153
    v155 --> v219
    v155 --> v243
    v155 --> v268
    v197 --> v186
    v206 --> v268
    v207 --> v451
    v208 --> v243
    v208 --> v453
    v209 --> v455
    v268 --> v294
    v268 --> v364
    v294 --> v348
    v294 --> v401